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2022年1月2日，本人接到西北某大學(xué)同學(xué)的計(jì)算需求，接到反饋后，第一時(shí)間與客戶進(jìn)行詳細(xì)溝通，情況如下：

客戶背景

客戶是西北某大學(xué)的一位學(xué)生，其想得沒食子酸、兒茶素、金絲桃苷、槲皮苷、積雪草酸、齊墩果酸、熊果酸、金絲桃苷、科羅索酸、α-淀粉酶、α-葡萄糖苷酶、胰脂肪酶、膽固醇脂酶之間的相互作用圖，包括小分子與受體蛋白的結(jié)合位點(diǎn)，以什么方式結(jié)合在蛋白質(zhì)的哪一個(gè)氨基酸上。能夠得到活性成分與相應(yīng)酶的結(jié)合位點(diǎn)的氨基酸組成，以及結(jié)合的方式。

樣品名稱

沒食子酸、兒茶素、金絲桃苷、槲皮苷、積雪草酸分別和α-淀粉酶、α-葡萄糖苷酶

客戶需求

其研究目的如下：

應(yīng)用分子對接技術(shù)，推測單體成分沒食子酸、兒茶素、金絲桃苷、槲皮苷、積雪草酸分別和α-淀粉酶、α-葡萄糖苷酶之間可能的結(jié)合位點(diǎn)。

推測單體成分齊墩果酸、熊果酸、金絲桃苷、科羅索酸和胰脂肪酶之間可能的結(jié)合位點(diǎn)。

推測單體成分齊墩果酸、熊果酸、科羅索酸和膽固醇脂酶之間可能的結(jié)合位點(diǎn)。

解決方案

1.受體結(jié)構(gòu)準(zhǔn)備

從PDB數(shù)據(jù)庫中下載3a4a.pdb、1ua7.pdb、1eth.pdb、7cof.pdb結(jié)構(gòu)文件。釀酒酵母α-葡萄糖苷酶PDB：3a4a.pdb，芽孢桿菌α-淀粉酶PDB：1ua7.pdb，豬胰腺-胰脂肪酶PDB：1eth.pdb，假單胞菌膽固醇脂酶PDB：7cof.pdb。用pymol對4個(gè)結(jié)構(gòu)文件進(jìn)行預(yù)處理得到初始結(jié)構(gòu)，初始結(jié)構(gòu)用AutoDock Tools 1.5.6 進(jìn)行處理，計(jì)算Gaseigter電荷，并生成pdbqt文件用于分子對接。蛋白結(jié)構(gòu)如下圖：

2.配體結(jié)構(gòu)準(zhǔn)備

利用ChemBioDraw生成分子的2D文件，用ChemBio3D生成分子的PDB文件。在ChemBio3D中用MM2方法對小分子進(jìn)行能量最小化，用于后續(xù)的分子對接，采用AutoDock Tools 1.5.6處理配體結(jié)構(gòu)，生成pdbqt文件用于對接。

客戶反饋

客戶對數(shù)據(jù)結(jié)果滿意，無論計(jì)算得到的數(shù)據(jù)還是我們提供的分析報(bào)告，以及后續(xù)的答疑都非常清晰嚴(yán)謹(jǐn)。