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022年1月15日，接到某農(nóng)業(yè)大學，動物醫(yī)學院老師的計算需求，接到反饋后，第一時間與客戶進行詳細溝通，情況如下：

客戶背景

客戶是某農(nóng)業(yè)大學的一位老師，其想得到白屈菜紅（Chelerythrine）與大腸桿菌細胞膜和金黃色葡萄球菌細胞膜之間的分子動力學過程。進而分析白屈菜紅在這兩種細胞膜相互作用力，氫鍵作用等。

樣品名稱

白屈菜紅（Chelerythrine）、大腸桿菌細胞膜模型（脂質(zhì)占比）:PE：75%、PG：20%、CL：5%

金黃色葡萄球菌細胞膜模型（脂質(zhì)占比）：PG：57%、LPG：38%、CL：5%

客戶需求

其研究目的如下：

（1）CHE與兩種細菌細胞膜之間的分子動力學過程。

（2）模擬過程中兩者的結(jié)合作用力分析。

（3）模擬過程中CHE的結(jié)構(gòu)變化分析。

解決方案

使用CHARMM-GUI中Bilayer Builder模塊構(gòu)建大腸桿菌細胞膜和金黃色葡萄球菌細胞模型，大腸桿菌細胞膜磷脂雙分子層組成：POPE：POPG：POCL1=75%：25%：5%，磷脂雙分子層含有150個POPE分子、40個POPG分子、10個POCL1分子，水分子數(shù)為8373個。金黃色葡萄球菌細胞膜磷脂雙分子層組成：POPG：PLPG：POCL1=57%：38%：5%，磷脂雙分子層含有114個POPG分子、76個PLPG分子、10個POCL1分子，水分子數(shù)為9149個。初始模擬盒子的xy軸邊長為80? * 80?，z軸長度由水的厚度決定。體系頂部和底部最低水位設(shè)置為22.5?。體系中的凈電荷通過KCL 中和，鹽濃度為0.15。力場采用charmm36。

客戶反饋

客戶對數(shù)據(jù)結(jié)果滿意，無論計算得到的數(shù)據(jù)還是我們提供的分析報告，以及后續(xù)的答疑都非常清晰嚴謹。