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細(xì)胞色素模擬測(cè)試——復(fù)達(dá)客戶檢測(cè)案例

2021年07月08日,客服中心反饋廣州某醫(yī)院的模擬需求,接到反饋后,材料檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室工程師第一時(shí)間與客戶進(jìn)行詳細(xì)溝通,情況如下:


客戶背景


客戶是廣州某家醫(yī)院,由于發(fā)表文章,急需模擬細(xì)胞色素c包埋在氫鍵有機(jī)框架后的活性中心結(jié)構(gòu)變化。


樣品名稱


細(xì)胞色素


客戶需求


yt c包埋的氫鍵有機(jī)框架的結(jié)構(gòu)如下所示,Cyt c位于框架的缺陷位置。注意,框架材料需要去除適當(dāng)?shù)呐潴w才能容納Cyt c分子(具體去除多少個(gè)配體需要優(yōu)化)。其中配體和Cyt c表面的氨基酸殘基的氨基形成氫鍵作用,形成的復(fù)合結(jié)構(gòu)示意圖如下(即Cyt c通過氫鍵嵌在框架的缺陷位置)。通過全原子顯式溶劑分子動(dòng)力學(xué)模擬,計(jì)算Cyt c的活性中心 Fe卟啉配位情況和周圍氨基酸位置在嵌入材料前后的結(jié)構(gòu)變化,需要得到關(guān)鍵氨基酸Met80、His18 和Tyr 67的概率分布。


解決方案


利用Material studio構(gòu)建納米框架材料多層晶片結(jié)構(gòu)獲取。需要根據(jù)細(xì)胞色素c蛋白直徑大小,設(shè)定納米材料晶格長(zhǎng)度與單元總量。最終搭建能夠容納蛋白的適當(dāng)多層納米材料,利用NAMD軟件,對(duì)單層納米框架材料結(jié)構(gòu),進(jìn)行適度動(dòng)力學(xué)模擬,獲取真空理想狀態(tài)下整個(gè)單層納米框架材料進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化,達(dá)到最優(yōu)晶型結(jié)構(gòu)。


客戶反饋


蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)客戶很滿意,表示后續(xù)文章修訂補(bǔ)數(shù)據(jù)如果需要,仍繼續(xù)合作。


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