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2021年07月08日，客服中心反饋廣州某醫院的模擬需求，接到反饋后，材料檢測實驗室工程師第一時間與客戶進行詳細溝通，情況如下：

客戶背景

客戶是廣州某家醫院，由于發表文章，急需模擬細胞色素c包埋在氫鍵有機框架后的活性中心結構變化。

樣品名稱

細胞色素

客戶需求

yt c包埋的氫鍵有機框架的結構如下所示，Cyt c位于框架的缺陷位置。注意，框架材料需要去除適當的配體才能容納Cyt c分子（具體去除多少個配體需要優化）。其中配體和Cyt c表面的氨基酸殘基的氨基形成氫鍵作用，形成的復合結構示意圖如下（即Cyt c通過氫鍵嵌在框架的缺陷位置）。通過全原子顯式溶劑分子動力學模擬，計算Cyt c的活性中心 Fe卟啉配位情況和周圍氨基酸位置在嵌入材料前后的結構變化，需要得到關鍵氨基酸Met80、His18 和Tyr 67的概率分布。

解決方案

利用Material studio構建納米框架材料多層晶片結構獲取。需要根據細胞色素c蛋白直徑大小，設定納米材料晶格長度與單元總量。最終搭建能夠容納蛋白的適當多層納米材料，利用NAMD軟件，對單層納米框架材料結構，進行適度動力學模擬，獲取真空理想狀態下整個單層納米框架材料進行結構優化，達到最優晶型結構。

客戶反饋

蛋白結構預測客戶很滿意，表示后續文章修訂補數據如果需要，仍繼續合作。